Kedudukan Mikrobiologi sebagai Ilmu

Disiplin bidang biologi semakin luas dan berkembang sehingga perlu diadakan pembagian yang lebih khusus lagi agar lebih mudah mempelajari mikroorganisme-mikroorganisme tertentu yang berkaitan dengan orientasinya. Mikroorganisma memegang peranan yang sangat besar dalam tahun-tahun terakhir ini sebagai system model (model system) dalam mempelajari proses-proses dasar biologis. Sebagai pengetahuan berkembang mikrobiologi dapat dibeda-bedakan menjadi beberapa sub disiplin berdasarkan berbagai macam orientasi sebagai berikut:
 

a. Orientasi taksonomi

1. Virologi: ilmu yang mempelajari tentang struktur, susunan dan klasifikasi virus.

2. Bakteriologi: Ilmu yang mempelajari tentang struktur, susunan dan klasifikasi makhluk hidup termasuk bakteri.

3. Mikologi: Ilmu yang mempempelajari tentang struktur susunan dan klasifikasi maklhuk hidup termasuk jamur.

4. Fikologi atau algologi: Ilmu yang mempalajari tentang struktur, susunan dan klasifikasi makluk yang termasuk ganggang atau algae.

5. Protozoologi: Ilmu yang mempelajari tentang struktur, susunan dan klasifikasi makhluk hidup termasuk protozoa. 

b.Orientasi habitat

1. Mikrobiologi air: Ilmu yang mempelajari tentang peri kehidupan dan peranan mikroba dalam air.

2. Mikrobiologi tanah: Ilmu yang mempelajari tentang peri kehidupan dan peranan mikroba dalam tanah.

3. Mikrobiologi marin: Ilmu yang mempalajari tentang peri kehidupan mikroba yang hidup dalam habitat air laut.

c. Orientasi problema

1. Ekologi mikroba:

Ilmu yang mempelajari tentang timbal balik antara mikroba dan lingkungan hidupnya.

2. Mikrobiologi patogenik (Pathogenic microbiology)

Ilmu yang mempalajari tentang mikroba yang dapat menimbulkan penyakit.

3. Mikrobiologi pertanian:

Ilmu yang mempelajari tentang peranan mikroba dalam bidang pertanian.

4. Mikrobiologi Industri:

Ilmu yang mempelajari tentang mikroba-mikroba yang berperan dalam bidang industri.

5. Mikrobiologi geologi

Ilmu yang mempelajari tentang struktur, sifat dan peranan mikroba dalam bidang geologi.

Lapangan Mikrobiologi terapan (PELCZAR, 1986, hal.16), dapat dibedakan sebagai berikut:

1. Mikrobiologi Kedokteran:

Mempelajari mikroba-mikroba yang dapat menimbulkan penyakit, prosedur diognosa dan identifikasi mikroba penyebab penyakit dan cara penyegahannya.

2. Mikrobiologi akuatik:

Diterapkan dalam pemurnian air, pengujian mikrobiologis, pengurangan pencemaran biologis dan ekologis.

3. Aeromikrobiologi:

Mempelajari tentang kontaminasi dan kerusakan-kerusakan yang disebabkan oleh mikroba, dan penyebaran penyakit-penyakit.

4. Mikrobiologi makanan:

Diterapkan dalam penyediaan bahan makanan, pengawetan bahan makanan, penyakit-penyakit yang disebabkan oleh keracunan makanan dan pencegahannya.

5. Mikrobiologi pertanian:

Penyerapannya dibidang penyuburan tanah, penelitian tentang penyakit hewan dan tanaman.

6. Mikrobiologi Industri:

Diterapkan dalam pembuatan antibiotika, vaksin, minuman fermentasi, zat-zat kimia, pembuatan protein dan hormon-hormon.

7. Eksomikrobiologi:

Diterapkan dalam eksplorasi tentang kehidupan di angkasa luar.

8. Mikrobiologi geokimia:

Diterapkan dalam pertambangan batubara, pembentukan mineral dan gas, pencarian barang tambang seperti batubara, minyak dan gas bumi.